В процессе эволюции между человеком и микроорганизмами полости рта сформировались сложные многокомпонентные и противоречивые отношения. Наличие физиологической микробиоты (т.е. микробной колонизации поверхности кожи и слизистых оболочек) жизненно необходимо человеку для правильного формирования метаболического и иммунного гомеостаза. Для благоприятного роста и развития микроорганизмов необходимы постоянная влажность, температура, рН, регулярное поступление питательных веществ, макро- и микроэлементов, поэтому полость рта является благоприятной средой для поддержания жизнедеятельности микрофлоры. Сразу после рождения кожа, полости рта и носа, кишечник ребёнка колонизируются микроорганизмами посредством дыхания, кормления и контакта с лицами, осуществляющими уход за новорожденным. При этом происходит первоначальное заселение полости носа микроорганизмами, и носоглоточная микробиота ребенка напоминает по составу материнскую вагинальную или кожную. По достижении 65 лет состав микробиома постепенно обедняется, теряет свое разнообразие, становясь более схожим с микробиомом глотки и полости рта. Последствиями нарушения микробного фона в полости рта являются кариес и его осложнения, заболевания пародонта и слизистой оболочки. Исследования последних десятилетий демонстрируют роль микробиоты полости рта в системных заболеваниях, в частности системы органов дыхания, но степень влияния все еще находится на ранней стадии изучения. Кроме того, респираторные заболевания и их терапия вызывают дисбиоз микробиоты и заболевания полости рта. С одной стороны, это может усугубить заболевания органов дыхания, образуя порочный круг. Кроме того, дисбиоз в рассматриваемых областях может оказывать влияние на активность кариозного процесса и усиливать его течение. Углубленное изучение микробиоты и микробиома полости рта и носа открывают путь к профилактике и лечению различных заболеваний полости рта и дыхательных путей. Роль дисбиоза полости рта в патологии органов дыхания и системных заболеваниях несомненна и требует проведения дальнейших исследований для совершенствования медико-социальной реабилитации.